吉野ヶ里遺跡は、紀元前3世紀から紀元後3世紀にいたる「弥生時代」の全期間、約600年間にわたって拡大を続けた、日本最大規模の環濠集落の遺構です。発掘調査によって明らかになったその極めて組織的な構造は、中国の歴史書『魏志倭人伝』に記された「邪馬台国」の時代の倭人の社会、およびクニの姿をそのまま映し出した物証として知られています。

象徴的な防衛機構が、周囲を深く掘り下げた、総延長数キロメートルに及ぶ巨大な「外堀（環濠）」です。堀の底部には敵の侵入を阻むための鋭い杭（逆茂木）が配され、土手の上には「城柵」と呼ばれる頑強な木製の壁が張り巡らされており、縄文時代には見られなかった、本格的な集団間戦争の激化に伴う防御システムの実態を示しています。

敷地内には、集落の最高中枢であり、祭祀や重要な会議が行われたとされる「北内郭」が位置しています。ここには当時の建築技法を考証した「主祭殿」や、見張りのための巨大な「物見櫓」が木造で立ち並んでおり、中に入って当時の高床式建築の構造を直接観察できます。

北の最奥部には歴代の王たちの墓とされる巨大な「北墳丘墓」が発掘当時のままの姿で保護展示されています。