霊雲寺は、江戸時代元禄期の面影を今に伝える真言宗霊雲寺派の総本山です。その起源は1691年、徳川幕府の5代将軍・徳川綱吉の帰依を受けた真言律宗の高僧・浄厳律師によって、将軍家の武運長久と国家の平穏を祈願する根本道場として創建されたことに遡ります。当時は「湯島新義御祈祷所」と称され、幕府から手厚い庇護と広大な寺領を安堵された格式高い歴史を持っています。

境内の構造は、湯島台地の起伏に富んだ地勢を活かし、周囲の喧騒から隔絶された静寂な空間を構成する伽藍配置を採っています。本尊には、浄厳が自ら開眼供養を行ったとされる「両頭愛染明王」が祀られています。近代の関東大震災や第二次世界大戦の戦災により多くの公的な堂宇を焼失しましたが、戦後に復興された現在の「本堂」は、伝統的な意匠を継承した重厚な造りとなっており、宗門の総本山たる風格を現代に伝えています。

また、霊雲寺は江戸時代から「真言律の学問寺」として多くの学僧を輩出した歴史があり、境内には学術的・宗教的に極めて貴重な中世・近世の仏典や古文書が多数格護されています。